Hacia 1970, Green comenzó a dar síntomas de esquizofrenia, luego atribuidos a su excesivo consumo de LSD, derivando en su salida de Fleetwood Mac. Sus problemas mentales, con algún episodio violento con el mánager del grupo Clifford Davis –al que, se dice, reclamó dinero escopeta en mano–, prosiguieron durante toda esa década, con entradas y salidas constantes de hospitales psiquiátricos. La enfermedad se atemperó en los 80, y volvió a tocar y grabar álbumes, tanto en su propio grupo, Katmandu, como en el debut en solitario de Mick Fleetwood, por ejemplo. Y en los 90 fundaría Peter Green Splinter Group, publicando siete álbumes en los que participarían miembros de Black Sabbath, si bien sus problemas mentales le perseguirían toda su vida. En 1998, cuando Fleetwood Mac fueron introducidos en el Rock and Roll Hall of Fame, Green formó parte de la distinción.